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技術(shù)文章 / article
針對ctDNA的MRD檢測,你參與了嗎?
原載自:www.niangtai.cn[技術(shù)資料頻道] 2022-06-16 瀏覽次數(shù):921
MRD是指治療后體內(nèi)殘留的腫瘤細(xì)胞或者標(biāo)志物,通常的翻譯有3種,微小殘留病灶(Minimal Residual Disease)、可檢測殘留病灶(Measurable Residual Disease)、分子殘留病灶(Molecular Residual Disease)。
微小殘留病灶(Minimal Residual Disease)一詞最早是出現(xiàn)在血液瘤中,是指治療后殘留的腫瘤細(xì)胞很少,很微小,常規(guī)檢測的靈敏度不足以檢測到,一般是由于藥物不應(yīng)答、藥物耐藥等等原因,因此此時(shí)MRD的檢測可以是分子檢測(比如NGS),可以是表面標(biāo)志物檢測(比如NGF)。而可檢測殘留病灶(Measurable Residual Disease)則側(cè)重于可檢測到的角度,對殘留病灶的研究限于可以檢測到的前提下,而后的分子殘留病灶(Molecular Residual Disease)主要是指分子診斷可以檢測腫瘤的殘留,主要是通過對ctDNA的檢測,這個(gè)時(shí)候適用于血液瘤和實(shí)體瘤。
MRD是腫瘤耐藥、復(fù)發(fā)的重要因素,是預(yù)后判斷的重要指標(biāo)。在2021年版非小細(xì)胞肺癌MRD檢測的專家共識中,有一段描述:在一項(xiàng)前瞻性多中心研究中,共入組101例帶有體細(xì)胞突變的早期乳腺癌患者,通過dPCR動(dòng)態(tài)追蹤術(shù)后血漿ctDNA,結(jié)果提示ctDNA陽性與患者疾病復(fù)發(fā)明確相關(guān)【風(fēng)險(xiǎn)比HR=25.2,95%可信區(qū)間CI 6.7-95.6, p<0.001】,且ctDNA較影像學(xué)提前預(yù)示疾病復(fù)發(fā),中位10.7個(gè)月(95% CI 8.1-19.1個(gè)月)。另一項(xiàng)入組130例II-III期結(jié)腸癌的多中心隊(duì)列研究中,通過多重PCR捕獲的NGS監(jiān)測患者切除術(shù)后ctDNA狀態(tài),結(jié)果提示術(shù)后30天ctDNA陽性患者復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)遠(yuǎn)高于陰性患者(HR=17.5,95% CI 5.4-56.4,p<0.001)。
ctDNA的MDR檢測現(xiàn)狀
現(xiàn)有的針對ctDNA的MRD檢測主要有2條技術(shù)路線:tumor-agnostic -assays(腫瘤未知分析)和tumor-informed assays(腫瘤知情/先驗(yàn)分析),其中tumor-agnostic -assays僅對血漿檢測,利用的是固定的panel(一般為驅(qū)動(dòng)基因和靶向藥物基因,也會(huì)多組學(xué)方法)和分析方法對ctDNA做檢測,做分析,代表產(chǎn)品Guardant Health公司的Guardant Reveal;tumor-informed assays需要對原發(fā)腫瘤組織進(jìn)行測序(一般為WES),來鑒定患者的特異基因組變異圖譜,然后再定制個(gè)性化的panel,針對ctDNA做檢測,也就是說需要對組織和血漿都做檢測,代表產(chǎn)品為Natera公司的Signatera。國內(nèi)IVD公司對MRD的檢測,截至發(fā)稿前,小編遇到的tumor-informed assays為多。
MRD技術(shù)難度很大的一個(gè)方面是對超低頻突變的檢測能力和穩(wěn)定性,以非小細(xì)胞肺癌為例,在早期NSCLC患者血漿中位cfDNA的濃度為7.69ng/mL,換算在10mL血漿(20ml全血)中含有大概20,000個(gè)單倍體基因組(3.3pg),考慮到cfDNA建庫時(shí)的損耗以及至少存在2條相同的變異基因序列,10mL血漿中ctDNA檢測到的極限分子信號為0.02%水平。另外,從TRACERx研究數(shù)據(jù)推算,在1cm3體積的腫瘤情況下, 10mL血漿中大概含有2條腫瘤來源DNA分子。因此,在NSCLC中進(jìn)行MRD檢測時(shí),該檢測方法必須可穩(wěn)定檢測出豐度≥ 0.02%的ctDNA。這里有個(gè)重要的技術(shù)策略,就是Sample Level的策略,對于site level的0.02%甚至更低,可以通過samples Level來提高靈敏度。
科佰生物
針對ctDNA檢測的MRD診斷IVD的開發(fā),少不了的是性能評價(jià),自然也是少不了標(biāo)準(zhǔn)品的開發(fā),科佰生物是一家專注IVD研發(fā)中診斷陽性參考品、檢測限參考品、精密度參考品的研發(fā)生產(chǎn)型企業(yè),針對ctDNA的超低頻標(biāo)準(zhǔn)品的開發(fā),我們計(jì)劃開發(fā)2類產(chǎn)品(Art-base and Nat-base),希望得到行業(yè)專家更多的建議。
針對tumor-agnostic-assays的檢測方法,主要還是滿足不同panel的定制標(biāo)準(zhǔn)品需求,類似與液體活檢ctDNA標(biāo)準(zhǔn)品的定制,可以針對性的開發(fā)針對不同癌種的panel組合,這里我們傾向納入小panel、中panel、大panel的差異位點(diǎn)合集,同時(shí)傾向于放入致病和疑似致病的位點(diǎn),組成合集。首要解決的問題是超低腫瘤占比帶來的超低頻突變的定標(biāo)問題,我們知道dPCR的檢測限一般為0.1%,低于0.1%的頻率一般很難與陰性相區(qū)分,因此對于超低頻的位點(diǎn)的檢測一般是使用超深度的NGS來定標(biāo),除了血液瘤外,國內(nèi)暫時(shí)沒有其他腫瘤獲批的MRD檢測試劑盒,很多都是摸著石頭過河的,暫時(shí)無法通過上市的超深度的NGS試劑盒來定標(biāo),這個(gè)沒有特別好的解決辦法,只能在混樣的稀釋工藝上,盡可能做到準(zhǔn)確和一致。
針對tumor-informed assays的檢測方法,按照工藝上的描述,是定制類的標(biāo)準(zhǔn)品開發(fā),首先針對待測樣本組織開展WES檢測,根據(jù)檢測結(jié)果設(shè)計(jì)適合超深度ctDNA檢測的panel,比如捕獲法的話,重點(diǎn)在優(yōu)化探針的性能,同時(shí)針對已知的突變開發(fā)對應(yīng)的標(biāo)準(zhǔn)品。同樣的,也會(huì)遇到超低腫瘤占比帶來的超低頻突變的定標(biāo)問題。在此,科佰生物也是希望能在與探針設(shè)計(jì)合成的公司達(dá)成合作,在復(fù)發(fā)監(jiān)測的有*效內(nèi),完成panel的開發(fā)和性能評價(jià)。
MRD檢測意義
MRD的檢測,針對ctDNA的檢測已經(jīng)在臨床多種腫瘤復(fù)發(fā)監(jiān)測中表征出明確的臨床檢測意義,臨床亟待MRD的檢測試劑盒,幫忙指導(dǎo)患者的輔助治療,復(fù)發(fā)監(jiān)測。